Enquanto um exército demoníaco sitia sua aldeia, um jovem ninja se aventura por um mundo amaldiçoado, para entregar um pergaminho primordial para a sobrevivência de seu clã. Aproveitando as expectativas dos jogadores como um ingrediente central do design do jogo, The Messenger é apresentado pela primeira vez como um jogo de plataforma de ação de 8 bits com uma história simples, que se desvenda em um conto épico de viagem no tempo, eventualmente revelando-se como um jogo Metroidvania de 16 bits repleto de valor de repetição e humor inexpressivo.

Em uma aldeia de ninjas, uma antiga profecia prediz que um "Herói Ocidental" um dia chegará para salvá-los dos demônios que assolam a terra. Quando o Rei Demônio ataca, o herói prometido aparece e o repele, então confia a um jovem ninja um pergaminho sagrado — nomeando-o Mensageiro e encarregando-o de carregá-lo para o leste, até o topo de uma montanha distante. Ajudado ao longo do caminho por um misterioso lojista de túnica azul, o Mensageiro atravessa um mundo perigoso, sua entrega simples gradualmente o atraindo para uma luta muito maior que se estende por séculos e dobra o próprio tempo.