Este jogo abrange a história de Star Trek, seguindo os desafios enfrentados pela Frota Estelar como almirante de uma força-tarefa de navios de guerra. Campanhas de jogabilidade se desenrolam em todas as eras de Star Trek (desde os dias de fundação da Enterprise até as aventuras do clássico Star Trek e o arrojado desconhecido de The Next Generation, bem como as provações e tribulações enfrentadas por Deep Space Nine e Voyager), enquanto a Federação enfrenta um inimigo totalmente novo que tem o poder de viajar no tempo. Com suporte multijogador completo, os jogadores podem escolher entre combates de pequena escala e guerra total envolvendo vários sistemas estelares, além de acompanhar estatísticas e classificações de jogadores.