Você é Roy Becket, um jovem piloto com sonhos de se tornar tão habilidoso quanto seu pai adotivo. Quando uma guerra galáctica com uma antiga raça alienígena mecânica atinge seu ponto de ebulição, Roy é forçado a entrar em ação e assumir o controle de uma máquina de guerra bípede de outro mundo na esperança de salvar o que resta da humanidade. Juntando-se a Roy está uma jovem que afirma ter escapado das garras dos alienígenas nefastos. Alterada para sempre por meio de experimentos horríveis, ela agora possui as mesmas habilidades que a humanidade precisará para atrasar o relógio do juízo final. Juntos, eles devem lutar contra um exército implacável sozinhos e reunir sua família destruída. O Fim de Todas as Coisas está à vista. À beira da erradicação está Astebreed.

Os Filune assumiram a missão de erradicar toda a humanidade e é hora de os humanos revidarem. O jogador, Roy Becket, se propôs a fazer o que seu pai adotivo, Grato Nono, não conseguiu terminar, que é salvar Estina Nono, além de acabar com o Filune.