Clannad segue a vida de Tomoya Okazaki, um delinquente do ensino médio que conhece muitas pessoas em seu último ano na escola, incluindo cinco meninas, e ajuda a resolver seus problemas individuais. A jogabilidade de Clannad segue uma linha de enredo ramificada que oferece cenários predeterminados com cursos de interação e se concentra no apelo das cinco personagens principais femininas pela personagem do jogador. O jogo foi classificado como o jogo de PC mais vendido no Japão na época de seu lançamento e ficou no top 50 nacional várias vezes depois.

Tomoya Okazaki é uma estudante do terceiro ano do ensino médio na Hikarizaka Private High School, levando uma vida cheia de ressentimentos. Sua mãe faleceu em um acidente de carro quando ele era jovem, levando seu pai, Naoyuki, a recorrer ao álcool e ao jogo para lidar com isso. Isso resultou em brigas constantes entre os dois até que Naoyuki deslocou o ombro de Tomoya. Incapaz de jogar em seu time de basquete, Tomoya começou a se distanciar das outras pessoas. Desde então, ele tem um relacionamento distante com o pai, naturalmente se tornando um delinquente ao longo do tempo. Enquanto caminhava para a escola, Tomoya conhece uma garota estranha chamada Nagisa Furukawa, questionando se ela gosta da escola. Ele se vê ajudando-a e, com o passar do tempo, Tomoya encontra sua vida indo em direção a uma nova direção.