Após o sucesso de Star Fox, a Nintendo decidiu fazer uma sequência no mesmo sistema. No entanto, com o lançamento do Nintendo 64 se aproximando, a Nintendo decidiu cancelar o jogo, apesar de estar quase completo. Muitas características deste jogo foram posteriormente reutilizadas em Star Fox 64, mais notavelmente Star Wolf, e o jogo em si foi posteriormente vazado como código-fonte e compilado em uma ROM funcional. O jogo foi posteriormente lançado para o console SNES Classic como um jogo desbloqueável, marcando seu primeiro lançamento oficial. Desde então, o jogo também foi lançado para o serviço Nintendo Switch Online.

Andross retorna, e desta vez ele tem duas super-armas maciças, mísseis balísticos interplanetários e uma série de caças e bombardeiros todos indo para Corneria. Cabe a dois membros da equipe Star Fox defender Corneria das armas de destruição em massa de Andross, infiltrar-se nas bases inimigas e derrotar Andross ao mesmo tempo.