O ladrão supremo está de volta! Pise suavemente enquanto atravessa 15 novos níveis complexos e não lineares cheios de pilhagem para roubar e guardas para ser mais esperto. A IA inimiga aprimorada, novos gadgets e uma história fascinante o atrairão para o mundo de Thief II: The Metal Age, um lugar de novas tecnologias poderosas, religiões fanáticas e corrupção.

O jogo começa quando Garrett continua sua vida como ladrão. No entanto, ele é traído por sua cerca e emboscado após uma missão inicial, e ele determina que Truart, o xerife local, está caçando-o. Guardiões levam Garrett para ouvir uma profecia sobre a "Idade do Metal", que ele ignora. Quando Garrett sai, um dos Guardiões informa que Truart foi contratado para matá-lo, e ele dá a Garrett uma carta que o direciona a espionar uma reunião do Mecanista. Lá, Garrett ouve Truart e o padre Karras discutindo a conversão de pessoas de rua em "Servos" irracionais, que usam máscaras que emitem um vapor vermelho capaz de reduzir a si mesmos e aos humanos próximos à ferrugem. Truart promete fornecer a Karras vinte vítimas para o projeto Servo, sem perceber que Karras está registrando suas palavras para uso em chantagem. Garrett rouba a gravação de um cofre, a fim de coagir Truart a revelar seu empregador. No entanto, Garrett encontra Truart assassinado em sua propriedade. Evidências na cena do crime o levam a espionar o policial tenente Mosley. Garrett vê Mosley entregar uma carta suspeita, que é levada através de um portal por um pagão ferido. Garrett entra no portal e se encontra fora da Cidade, e segue o rastro de sangue do pagão até Viktoria, que convence Garrett a se juntar a ela contra os Mecanicistas. Em uma pista de Viktoria, ele se infiltra no escritório de Karras para aprender sobre o "Projeto Cetus",[31] e inadvertidamente descobre que Karras está dando Servos aos nobres da Cidade. Garrett viaja para uma base do Mecanista para descobrir mais sobre o Projeto Cetus, que se revela ser um submarino. A fim de localizar e sequestrar um Mecanista de alto escalão chamado Irmão Cavador, Garrett se esconde no veículo. Depois de entregar Cavador a Viktoria, Garrett rouba uma máscara de Servo para aprender sobre uma tecnologia Mecanista chamada "Cultivador". Enquanto isso, Karras se esconde dentro da catedral mecanicista em preparação para seu plano. Garrett e Viktoria descobrem que são os Cultivadores dentro das máscaras dos Servos que emitem vapor vermelho, ou "gás de ferrugem". Karras forneceu jardins aos servos dos nobres para desencadear uma reação em cadeia apocalíptica. Viktoria planeja atrair os Servos para a catedral mecanicista hermeticamente fechada antes que Karras ative suas máscaras, mas Garrett acredita que isso é muito perigoso e vai embora. Viktoria vai para a catedral sozinha e morre enquanto a enche de plantas, e Garrett completa seu plano, matando Karras no gás da ferrugem. Depois, Garrett é abordado por um Guardião que explica que o esquema de Karras e a morte de Viktoria foram profetizados. Garrett exige saber o resto das profecias dos Guardiões quando o jogo terminar.