O Cyber Shinobi é a sequência exclusiva do SEGA Master System para Shinobi. Em algum contexto, o jogo tem o subtítulo Shinobi Parte 2. Foi o primeiro jogo Shinobi a não ter uma contrapartida Arcade.

Situado em algum momento durante o século XXI, o jogador controla o neto do mestre ninja Joe Musashi, também chamado Joe, que está em uma missão para derrotar os asseclas da Cyber-Zeed, uma organização terrorista fundada pelos remanescentes da organização Zeed que o Joe Musashi original destruiu. Joe deve lutar contra uma série de seis etapas para evitar que a Cyber-Zeed lance seus estoques roubados de plutônio em todo o mundo. Os estágios consistem em um canteiro de obras, um porto, um heliporto, uma selva, uma cachoeira e o esconderijo do inimigo.