As cinco missões do jogo têm três ou quatro estágios cada. Vários reféns estão sendo mantidos em cada estágio; Joe deve resgatar todos eles antes de poder terminar o estágio. O último estágio de cada missão não tem reféns, mas apresenta um poderoso personagem chefe que Joe deve derrotar. Depois de completar cada uma das quatro primeiras missões, o jogador é levado a um estágio bônus, onde pode ganhar uma vida extra se for capaz de matar todos os ninjas que saltam em sua direção. Completar a quinta missão encerra o jogo. Além disso, uma vez que a quinta missão começa, as continuações não são mais permitidas; o jogador tem que terminar o jogo com quantas vidas lhe restarem nesse ponto. Se o jogador ganhar um lugar no quadro de pontuação mais alta, o número de créditos que ele levou para obter essa pontuação é exibido junto com sua pontuação. As armas padrão de Joe são um suprimento ilimitado de shuriken, junto com socos e chutes ao atacar de perto. Um refém por estágio lhe dá um reforço. Quando energizado, suas estrelas de arremesso são substituídas por uma arma que dispara balas grandes e explosivas, e seu ataque de curto alcance se torna um golpe de katana. Joe também pode realizar "magia ninja", que pode ser usada apenas uma vez por estágio e mata (ou causa dano, no caso de chefes) todos os inimigos na tela. O jogo também permite que os inimigos se escondam atrás de caixas ou usem escudos para bloquear os shurikens de Musashi. [4] Joe pode ser morto com um golpe, desde que seja atingido por um projétil ou ataque corpo a corpo, mas se ele não se encontrar nessas situações, o jogador pode tocar inimigos regulares e apenas ser empurrado para trás sem ser danificado. Como a maioria dos inimigos aparece no mesmo lugar em cada nível, é possível dominar o jogo memorizando suas localizações e criando padrões para derrotá-los. No final de cada etapa, o jogador recebe bônus de pontuação com base no desempenho. Completar o estágio sem usar magia ninja ou sem usar quaisquer estrelas ou balas de arremesso dá ao jogador um bônus de pontos. O jogador tem três minutos para completar cada fase; o tempo restante no final da fase também é convertido em pontos de bônus e adicionado à pontuação do jogador.

O jogador controla um ninja chamado Joe Musashi que tem que parar uma organização criminosa chamada "Zeed" que está sequestrando as crianças de seu clã ninja. Através de cinco missões (consistindo em três estágios para a primeira missão e quatro estágios cada para o resto), Musashi deve ir até o quartel-general de Zeed e libertar todos os reféns nos dois ou três primeiros estágios antes de confrontar o chefe no estágio final de cada missão. No início de cada missão, o jogador é mostrado seu objetivo, seguido por um arquivo contendo uma fotografia do chefe inimigo e uma exibição de mapa identificando a localização do próximo estágio.