The Legend of Zelda: Majora's Mask é uma sequência direta de Ocarina of Time, utiliza o mesmo mecanismo e estilo visual de seu antecessor. O jogo mantém os elementos tradicionais dos jogos Zelda, bem como os introduzidos em Ocarina of Time, como bloqueio ativo com um escudo, vários itens de arremesso e o uso de melodias tocadas na ocarina para resolver quebra-cabeças. Em comparação com os jogos Zelda anteriores, esta parcela é mais orientada para a interação com NPCs e tem uma variedade maior de itens, missões opcionais e mini-jogos. Ele também inclui um sistema de tempo que se estende por três dias, e este ciclo deve ser redefinido periodicamente para progredir no jogo.

Após os eventos de The Legend of Zelda: Ocarina of Time, Link parte em seu cavalo Epona na Floresta Perdida e é atacado por um diabinho chamado Skull Kid que veste uma máscara misteriosa, acompanhado pelas fadas Tael e Tatl. Skull Kid transforma Link em uma pequena criatura semelhante a uma planta conhecida como Deku Scrub e tira seu cavalo e sua ocarina mágica. Pouco depois, Tatl se junta a Link e concorda em ajudá-lo a voltar à sua forma nativa. Uma reunião com um vendedor de máscaras errante revela que o Garoto Caveira está usando a Máscara de Majora, um item antigo usado em rituais feitiços, que evoca uma lua ameaçadora pairando sobre a terra de Termina. O Link tem exatamente três dias para encontrar uma maneira de evitar que isso aconteça.