Os Piratas Espaciais, agentes impiedosos da maligna Mãe Cérebro, roubaram o último Metroid de uma estação de pesquisa, e mais uma vez a Mãe Cérebro ameaça a segurança da galáxia! Samus Aran deve vestir sua incrível variedade de armas de alta tecnologia para recuperar o mortal Metroid escondido nas profundezas do planeta crivado de cavernas Zebes. Super Metroid apresenta excelentes gráficos, com uma enorme variedade de inimigos e mundos para explorar. A ação de visão lateral será familiar para muitos jogadores, só que agora há novas armas e itens, incluindo o Feixe de Agarrar, que permite que Samus gire em grandes abismos, e o Escopo de Raios-X, que revela passagens secretas.

Depois que Samus completou sua missão e erradicou toda a população Metroid em SR388, conforme comandado pela Federação Galáctica (sem o Metroid Hatchling, que ela apelidou de "Baby"), ela trouxe o Hatchling para a Colônia Espacial de Ceres para pesquisa. No entanto, pouco depois de sair, ela recebeu um sinal de socorro da Estação e voltou para investigar. Quando Samus chega à Academia de Ciências Espaciais onde o Bebê estava sendo estudado, ela encontra todos os cientistas abatidos e a unidade de contenção que mantinha o Bebê desaparecido. Após uma exploração mais aprofundada da Estação, ela encontra o Bebê em uma pequena cápsula. Quando ela se aproxima, Ridley aparece e agarra a cápsula. Depois de uma breve batalha, Samus repele Ridley e ativa uma sequência de autodestruição para destruir Ceres. Depois de escapar da explosão, Ridley foge para Zebes, e Samus vai atrás dele.