Enter the Gungeon é uma bala de cima para baixo semelhante ao inferno, onde os jogadores assumem o controle de um dos vários personagens conhecidos como Gungeoneers e lutam pelos andares gerados proceduralmente da Gungeon. O combate gira em torno de atirar em inimigos em forma de bala com um extenso arsenal de armas de fogo convencionais e exóticas, enquanto usa jogadas de esquiva, viradas de mesa e cobertura ambiental para evitar padrões densos de projéteis. O jogo apresenta morte permanente, o que significa que todos os itens e armas são perdidos ao morrer, e os jogadores devem começar novamente do primeiro andar. Entre as corridas, uma área de hub chamada Breach permite que os jogadores desbloqueiem novos itens e interajam com personagens não-jogadores.

Um grupo de desajustados, cada um sobrecarregado por um profundo arrependimento pessoal, desce até a Gungeon, uma fortaleza extensa e em constante mudança, habitada por criaturas hostis feitas de munição chamadas Gundead. Seu objetivo comum é alcançar o nível mais profundo deste labirinto e reivindicar seu tesouro lendário: uma arma mítica que dizem ter o poder de matar o passado. Cada Gungeoneer carrega suas próprias razões para buscar essa arma, esperando que, ao desfazer seu maior erro, eles possam encontrar a absolvição.