A história de uma Vingança, a história de uma guerra secreta. Quando uma bomba de nível militar roubada mata um esquadrão Fantasma, uma nova Unidade Fantasma deve rastrear a fonte das armas. Mas a trilha que Kozak, Ghost Lead, Pepper e 30K seguem leva ao redor do mundo, aos corredores do poder, onde a rebelião e a guerra estão se formando. Logo, os Fantasmas são tudo o que se interpõe entre o mundo e um conflito global devastador.

Situado em um futuro próximo, Tom Clancy's Ghost Recon: Future Soldier dá à série de jogos de tiro tático uma vantagem futurista e de alta tecnologia, equipando seus operadores especiais de elite com camuflagem adaptativa, drones e armas de ponta. A história começa em desastre quando um esquadrão Ghost Recon de quatro homens, enviado para interromper o tráfico de armas na Nicarágua, é exterminado por uma bomba suja detonada remotamente enquanto inspecionam um comboio emboscado. Em resposta, o Major Scott Mitchell monta uma nova equipe de Fantasmas de codinome Hunter e os envia para rastrear a bomba de volta à sua fonte. O jogador lidera este esquadrão em uma campanha mundial, seguindo a trilha de armas ilícitas pela Bolívia, Zâmbia, Nigéria, Paquistão e além, resgatando informantes e capturando traficantes ao longo do caminho. À medida que Hunter puxa cada fio da conspiração, a equipe descobre uma rede sombria muito mais perigosa do que um simples anel de armas, cujas ambições ameaçam desencadear uma crise internacional mais ampla.