Ao contrário de sua contraparte do SNES, a versão Genesis de Scooby-Doo Mystery é uma aventura point-and-click (ou botão de apontar e pressionar) com dois episódios jogáveis de um desenho animado típico do scooby-doo. Blake's Hotel - O tio de Daphne, Blake, convidou a turma para um fim de semana de esqui em seu hotel. Ao chegar ao hotel, eles descobrem que o fantasma do Antigo Chieftan está assustando todos os clientes, pois ele não está feliz com a construção de um hotel em seu cemitério. Logo o tio Blake é sequestrado, e cabe a Scooby e Salsicha encontrar pistas e caçar esse fantasma. Ha Ha Carnaval - A turma chega a um carvinal quase deserto, em busca de um pouco de diversão. Logo Fred, Daphne e Velma ficam presos em um lago quando saem em um dos passeios. Não só isso, alguém quebrou os trilhos da montanha-russa. Então, um palhaço fantasma de aparência maligna tem Scooby e Salsicha sendo perseguidos por todo o carnaval. Outro mistério para a dupla resolver. Ambos os mistérios têm Scooby e Salsicha por conta própria, coletando pistas e juntando-as. Você controla Salsicha principalmente enquanto Scooby apenas faz companhia a ele. A interface do jogo envolve caminhar e/ou escolher ações em um menu e usá-las com objetos. Um recurso de senha é fornecido para que você possa continuar de onde parou.