Pokemon Silver é um jogo de RPG jogado de uma perspectiva de cima para baixo, no qual o jogador explora o mundo, captura criaturas selvagens chamadas Pokemon e as treina em batalhas por turnos. Situado na região de Johto, ele continua o ciclo principal de construir uma equipe, ganhar medalhas de ginástica e completar a Pokedex capturando, evoluindo e negociando criaturas. Esta entrada introduziu 100 novos Pokémons, juntamente com adições como um relógio interno em tempo real que afeta certos eventos, reprodução de Pokémons, itens retidos e dois novos tipos de criaturas. Ele suporta a ligação com outros jogos da série para negociar e lutar.

Em Pokémon Silver, o jogador é um jovem Treinador começando na região de Johto. Depois de receber um primeiro Pokémon parceiro do pesquisador local Professor Elm, o jogador se propõe a viajar por Johto, pegando e treinando Pokémon enquanto trabalha nas oito medalhas de ginástica necessárias para desafiar os treinadores mais fortes da região. Ao longo do caminho, o jogador é repetidamente testado por um misterioso rival que pegou um dos outros Pokémons do Professor Elm e encontra o grupo criminoso Team Rocket enquanto tenta se reagrupar e retornar às suas atividades anteriores. A jornada se desenrola através de cidades, rotas, cavernas e mares cheios de Pokémon selvagens para descobrir.