Pokémon Blue é o terceiro jogo da série Pokémon lançado como uma pequena revisão de Pokémon Red e Green, que foram lançados no início daquele ano. Foi, portanto, a primeira versão solitária da série principal de jogos Pokémon. Várias correções no jogo incluem uma atualização gráfica e sonora, bem como a remoção de várias falhas conhecidas que foram encontradas no par original. Fora do Japão, seus gráficos, mecanismo de jogo e script formaram a base de Pokémon Red e Blue, enquanto as listas de Pokémon selvagens e Pokémon exclusivos do jogo foram alteradas para combinar com Red e Green.

O personagem do jogador começa em Pallet Town. Quando o personagem do jogador tenta deixar a cidade sem um Pokémon próprio, eles são parados na hora certa pelo Professor Oak, que os convida para seu laboratório. Lá, ele lhes dá um Pokémon próprio e uma Pokédex, contando-lhes sobre seu sonho de fazer um guia completo sobre todos os Pokémon do mundo. Depois que o personagem do jogador luta contra seu rival e sai do laboratório, ele tem o direito de ganhar todos os crachás de ginástica, competir na Liga Pokémon e realizar o sonho de Oak pegando todos os Pokémon.