Jak II é uma plataforma de mundo aberto, um jogo de tiro em terceira pessoa e um videogame de ação e aventura. É o segundo jogo da série Jak and Daxter e uma sequência de Jak and Daxter: The Precursor Legacy.

Como Jak and Daxter: The Precursor Legacy, o jogo começa com um discurso de Samos Hagai. Jak, Daxter, Samos e Keira estão no processo de ativar o cavaleiro da fenda, o dispositivo precursor escondido atrás da grande porta no final do Legado Precursor e o portão da fenda que o acompanha. Quando o portão é ativado, uma grande figura sai, acompanhada por um enxame de criaturas. Jak entra em pânico e ativa o cavaleiro da fenda, impulsionando o grupo através do portão. Enquanto viajam pela fenda, o cavaleiro é destruído. O grupo sai da fenda e são separados, embora todos se encontrem em Haven City. Jak e Daxter pousam e são imediatamente identificados por uma patrulha da Guarda Krimzon, liderada pelo Capitão Erol. Jak é levado sob custódia, enquanto Daxter promete resgatá-lo (veja os eventos de Daxter). Dois anos depois, Jak está na Fortaleza, onde foi objeto de um programa de super soldado. Seu corpo foi infundido com eco sombrio. Erol e o Barão Praxis estão lá. Eles declaram o 'Programa Guerreiro das Trevas' um fracasso. Eles saem, assim que Daxter aparece para resgatar Jak. Enquanto Daxter se mexe com as amarras, Jak se transforma no objetivo final do Programa Guerreiro das Trevas, Dark Jak. Ele quebra os laços e depois volta ao normal, depois de dizer suas primeiras palavras: "Eu vou matar Praxis! " A dupla então escapa da fortaleza para Haven City.