Por um ano, a cidade ficou quieta, mas um novo terror robótico tomou conta da cidade! Aquele cientista intrigante, o Dr. Cossaco, chegou à cidade com oito novos maníacos de metal que são maiores e mais malvados do que qualquer coisa que o Dr. Wily sonhou. Vai ser um confronto cibernético quando as ruas da cidade entrarem em erupção com os sons escaldantes de metal derretido! Armado com o novo Mega Buster, Mega Man corre, pula e se esquiva através de labirintos de munchkins metálicos em seu caminho para a cidadela siberiana de Dr. Cossaco para o confronto cataclísmico final!