Um RPG online baseado em turnos para o Nintendo GameCube. Situado no universo Phantasy Star Online, junte-se ao lado Herói ou Sombrio usando cartas com armas ou criaturas dos Episódios I e II de Phantasy Star Online.

Em Phantasy Star Online Episódios I e II, a nave espacial Pioneer 2 chegou ao planeta desabitado Ragol na esperança de colonização em resposta ao ecossistema falido do planeta natal Coral. No Episódio III, a Pioneer 2 permanece em órbita acima de Ragol, mas ainda não iniciou a colonização. A luta interna do governo da Pioneira 2, que desde então ganhou independência de Coral, além da exploração dos recursos do planeta, impede a colonização. O governo da Pioneer 2 também espera explorar "o germe", uma substância misteriosa descoberta no planeta, que eles usam para alimentar a recém-desenvolvida "tecnologia C. A. R. D.", que é usada para armazenar itens como armas como cartas e permitir que eles sejam usados com muito mais eficiência. [1] C. A. R. D. é um acrônimo para "dados de realidade alternativa compactados". O jogo pode ser jogado como "Heroside" ou "Darkside". Os "Heroside" são funcionários nomeados pelo governo, que recebem ordens do governo para explorar, pesquisar e capturar os Arkz, uma facção antigovernamental. Os "Darkside" são os Arkz, fundados por um homem conhecido apenas como Red. Os Arkz tentam interceptar e destruir os planos do governo para a exploração do planeta. Eles também se opõem ao uso da tecnologia C. A. R. D. devido à sua imprevisibilidade e à falta de compreensão completa do germe. Eles ainda, no entanto, usam uma versão roubada da tecnologia para poder competir com o Heroside. Ambos os lados também procuram a localização da "Grande Sombra", que se acredita ser a fonte do germe. Dentro das duas facções, cada personagem tem seus próprios objetivos e aspirações, e jogar como certos personagens em batalha revelará diferentes aspectos da história. Quando ambos os lados da história são concluídos, um após o outro, descobre-se que o governo, enquanto experimenta o germe para a tecnologia de clones, está tentando criar biossoldados com o material genético das falecidas filhas gêmeas de Red. O chefe final de Herosídeo é um clone mutado rejeitado de Pollux. O chefe final de Darkside é um clone mutante rejeitado do outro gêmeo, Castor. Depois de completar as histórias e suas batalhas contra os chefes, há uma batalha final com a fonte do germe, Amplam Umbra. Uma vez que a fonte é destruída, a Pioneer 2 finalmente pousa em Ragol, e a colonização do planeta começa.