Touhou Chireiden: Subterranean Animism is the eleventh main game of the Touhou Project scrolling shooter series. Subterranean Animism features two playable characters, each with three weapon types representing a youkai assisting them from above ground. Like Mountain of Faith, collecting power items adds up to four "option" satellites around the character, which behave differently according to the character and weapon type, and can be sacrificed for a bomb effect. However, unlike Mountain of Faith, each bomb has a different behavior, and some cause special gameplay effects to occur.

Um dia, em Gensokyo, de repente, havia muitos espíritos malignos por aí. Reimu Hakurei, uma Donzela do Santuário, e Marisa Kirisame, uma Maga vestida de preto, estavam suspeitando. Eles vão para o subsolo para pedir que parem de levá-los à superfície de Gensokyo. Dependendo de quem você escolher, um deles sai para investigar. A heroína começa a ir para o subsolo, mas se depara com um Tsuchigumo, Yamame Kurodani, que tenta impedir que a heroína continue. Yamame é rapidamente derrotado e a heroína segue em frente. Ela se mudou para uma ponte que leva à Cidade Antiga, mas corre para a guarda da ponte do ciúme, Parsee Mizuhashi, que também tenta impedir que a heroína prossiga. Parsee é obviamente derrotada, e a heroína continua a entrar na Cidade Antiga. A Cidade Antiga é povoada por Oni ,portanto, encontrando Yuugi Hoshiguma. Depois de derrotar Yuugi como chefe intermediário, Yuugi começa a seguir a heroína enquanto atira em Danmaku. Depois, eles lutam e a heroína é vitoriosa. Yuugi diz à heroína onde fica o Palácio dos Espíritos da Terra. A heroína entra no Palácio dos Espíritos da Terra e um gato é visto seguindo a heroína. Mais tarde, a heroína encontra o Mestre do Palácio dos Espíritos da Terra, Satori Komeiji. Depois que Satori é derrotada, ela permite que a heroína passe para falar com seus animais de estimação. A heroína segue para um lugar muito mais quente. Ela encontra um gato, Rin Kaenbyou. A gata se transforma em sua forma youkai e fica surpresa ao ver um humano chegar até aqui. Rin tenta impedir que a heroína prossiga para quem ela descreve como o pássaro mais perigoso no subsolo. No entanto, Rin foi derrotada. A heroína finalmente chega a um lugar ainda mais quente do que o anterior. Ela faz o seu caminho, mas encontra Rin novamente. Rin afirma que, se a heroína morrer, ela queimará tanto que nem deixará cinzas. Rin ataca a heroína novamente, mas é derrotado. A heroína finalmente chega a Utsuho Reiuji, o pássaro mais perigoso do subsolo. Utsuho comeu o deus Yatagarasu e reivindicou as potências nucleares. Utsuho afirma que, com essas poderosas potências nucleares, ela dominará o mundo acima, o que deixou Rin Kaenbyou preocupada por ter enviado espíritos malignos para o mundo acima. A heroína derrota Utsuho para impedir que seu plano assuma Gensokyo. Após a derrota de Utsuho, ela afirma que foi Kanako Yasaka quem sussurrou para ela sobre engolir Yatagarasu. Algum tempo depois, a heroína decide fazer uma visita ao Santuário Moriya para saber mais. Enquanto tenta encontrar Kanako, ela encontra Sanae Kochiya. Sanae é derrotada e a heroína segue em frente até que de repente encontram a irmã mais nova de Satori Komeiji, Koishi Komeiji. Koishi perguntou onde está a deusa do santuário, mas a heroína diz a Koishi que eles estavam realmente fazendo o mesmo. Koishi afirma que ela foi de todo o caminho do subsolo para o mundo acima para visitar este santuário. Koishi soube que a heroína derrotou sua irmã mais velha, Satori. Koishi pediu para lutar contra a heroína porque ela foi capaz de derrotar Utsuho, então isso deve significar que a heroína é mais forte. Depois que Koishi é derrotado, na história de Reimu, Suwako Moriya, a verdadeira deusa do Santuário Moriya aparece. De acordo com Suwako, Kanako está em uma viagem de compras. Aparentemente, Koishi queria um poder sombrio de amor por seus animais de estimação. Para a história de Marisa, depois que Koishi é derrotado, Sanae Kochiya, uma Donzela do Santuário Moriya, diz a Koishi e Marisa que Suwako e Kanako estão atualmente fora.