Em Rosenkreuzstilette, o jogador assume o controle de Spiritia Rosenberg à moda tradicional de Mega Man; navegando por estágios carregados de inimigos e armadilhas, derrotando o chefe do estágio no final de cada estágio (no caso de Rosenkreuzstilette, cada um dos Magos companheiros de Spiritia no RKS) para copiar seus poderes e usar esse mesmo poder contra um chefe que poderia ser fraco contra isso.

Tendo completado recentemente uma tarefa de ensino de seis meses para o Império Sagrado, Spiritia Rosenberg estava ansiosa para voltar para casa para seus amigos e descansar merecidamente. Infelizmente, seu retorno não seria a recepção calorosa que ela esperava. Quando Spiritia retornou aos Campos de Treinamento Imperiais, um dragão monstruoso apareceu e levou sua aluna Iris, filha do estimado Conde Michael Zeppelin. Momentos depois, as chamas engoliram os campos de treinamento e seus arredores, consumindo impiedosamente tudo em seu rastro. Sem tempo a perder, Spiritia e sua fada companheira Lilli correram para a floresta em chamas em perseguição. Atravessando as chamas rugindo, Spiritia ficou muito feliz ao encontrar sua melhor amiga, a fria e colecionada Freudia Neuwahl, já em cena. No entanto, sua alegria rapidamente se transformou em horror ao descobrir a identidade dos incendiários; sua própria organização de magos, Rosenkreuzstilette, com a própria Freudia liderando o ataque. Freudia informou Spiritia da decisão da unidade de se levantar contra as injustiças promovidas pelo Império, convidando-a a se juntar a seus companheiros enquanto eles declaravam guerra à humanidade. Não tolerando o sofrimento de inocentes, Spiritia recusou - e jurou impedir que seus camaradas cometessem um erro sem sentido e mortal. Junte-se a Spiritia em sua missão para impedir Rosenkreuzstilette, uma companhia de magos desonestos liderada pelo próprio Conde Zeppelin. Um esquadrão composto inteiramente pelos amigos mais queridos de Spiritia...