Um JRPG baseado em turnos e sequência do Earthbound Beginnings (1989), então exclusivo do Japão, no qual Ness, um menino que vive em uma terra baseada nos EUA, sai de casa para embarcar em uma aventura por locais estranhos, conhecer personagens peculiares e derrotar uma ameaça alienígena desconhecida chamada Giygas enquanto enfrenta até as realidades de crescer e se familiarizar com o mundo real.

A história começa quando Ness é despertado por um meteoro que caiu na terra perto de sua casa, quando então ele começa a investigar o local do acidente. Quando Ness chega ao local do acidente, ele encontra um bloqueio policial e Pokey Minch, seu amigo e vizinho, que lhe diz para ir para casa. Mais tarde, Ness é acordado novamente por Pokey batendo à sua porta, exigindo ajuda para encontrar seu irmão Picky. Eles o encontram dormindo atrás de uma árvore perto do meteoro e o acordam. Em seguida, os três encontram um inseto do meteoro chamado Buzz Buzz, que informa a Ness que ele é do futuro, onde o "destruidor cósmico universal" Giygas domina o planeta. Buzz Buzz sente um grande potencial em Ness e o instrui a embarcar em uma jornada para procurar e gravar as melodias de oito "santuários", unir seus próprios poderes com os da Terra e ganhar a força necessária para enfrentar Giygas.