Paper Mario: The Thousand-Year Door é um jogo de RPG baseado em turnos e a segunda entrada da série Paper Mario, ambientada em um mundo estilizado para se parecer com papel. Os jogadores guiam Mario por locais temáticos, resolvendo quebra-cabeças e lutando contra inimigos em um sistema de combate baseado em tempo, onde pressionar botões bem cronometrados fortalece os ataques e a defesa. Batalhas acontecem em um palco diante de um público cujas reações podem ajudar ou atrapalhar o jogador, e Mario recruta um grupo de companheiros com habilidades únicas enquanto equipa crachás que concedem novas habilidades. Segmentos breves também permitem que o jogador controle a Princesa Peach e Bowser entre os capítulos.

Na cidade costeira de Rogueport, a Princesa Peach adquire um misterioso mapa do tesouro que aponta para uma grande fortuna escondida atrás da lendária Porta dos Mil Anos, selada sob ruínas construídas no topo de uma cidade que afundou há muito tempo. Peach envia o mapa para Mario, mas ela logo é sequestrada por um grupo alienígena chamado X-Nauts, que estão atrás do mesmo tesouro. Mario viaja para Rogueport e descobre que o mapa revela a localização de sete Estrelas de Cristal necessárias para abrir a porta. Reunindo aliados ao longo do caminho, ele se propõe a coletar as estrelas, resgatar a princesa e descobrir o segredo do que está por trás da Porta de Mil Anos.