The Legend of Zelda: The Minish Cap é um jogo de ação e aventura de cima para baixo que conta as origens do malvado Vaati de Four Swords. Como a maioria dos outros títulos da série, The Minish Cap apresenta a terra totalmente explorável de Hyrule, embora possa ser vista dos olhos de um humano ou dos olhos de um Minish, uma raça de pessoas minúsculas e uma forma alternativa em que Link pode se transformar. Ao contrário do foco multijogador dos outros jogos da série, The Minish Cap mantém a forma original de exploração e masmorras, como visto em A Link to the Past, Oracle of Seasons e Oracle of Ages, bem como personagens e mecânicas de jogo como Malon and the Spin Attack. Os novos recursos incluem a fusão de Kinstones e o encolhimento para o tamanho de um Minish.

Enquanto estava em um festival com a Princesa Zelda, Link encontra uma maga misteriosa chamada Vaati, que transforma a princesa em pedra. Desamparado para detê-los, Link é convidado pelo rei a se encontrar com uma raça de pessoas minúsculas conhecidas como Minish, que podem ser capazes de ajudar com sua situação. Em suas viagens, Link se junta a um boné falante chamado Ezlo, que é capaz de encolher Link ao tamanho de um Minish para que ele possa se encontrar com eles. Com suas habilidades recém-descobertas, Link deve salvar o reino da ameaça de Vaati.