Magical Drop é jogado em um estilo e jogabilidade semelhantes às franquias Puyo Puyo e Puzzle Bobble da Compile (agora da Sega); uma "pilha" de bolhas coloridas aleatórias desce do topo e um jogador é derrotado quando uma bolha atinge o fundo. As bolhas podem ser apanhadas e jogadas pelo "palhaço" do jogador na parte inferior e são destruídas quando três ou mais da mesma cor são colocadas juntas em uma única coluna. "Correntes" são formadas quando uma única gota causa uma reação em cadeia ou quando mais de um grupo de bolhas é destruído em rápida sucessão. O jogo é normalmente jogado com dois jogadores (um pode ser um oponente de computador), e as correntes fazem com que a pilha do oponente desça mais rápido. Existem 24 caracteres, todos, exceto o Pierrot Negro, sendo nomeado após uma carta de tarô (embora a carta de Força tenha sido representada por dois personagens ao longo da série). Personagens diferentes têm padrões de ataque diferentes. As colunas da pilha do oponente descerão em taxas diferentes em relação umas às outras, dependendo do personagem escolhido. Isso causa uma disjunção de cores que pode tornar mais difícil para o outro jogador limpar sua pilha. Por exemplo, com o personagem Devil, todas as colunas descerão na mesma proporção, enquanto que com Sun, as colunas do meio descerão mais rápido do que as outras.