Darkwatch mistura os gêneros Western, horror e steampunk, contando a história de Jericho Cross, um pistoleiro fora da lei na Fronteira Americana do final do século XIX que foi transformado em um vampiro e recrutado à força pela organização secreta de caça a monstros para lutar contra o sobrenatural forças.

A história do jogo (narrada por Peter Jason) segue as façanhas de Jericho Cross, um fora da lei que virou vampiro, e seu emprego em uma antiga ordem de caça a vampiros conhecida como Darkwatch. Depois de libertar involuntariamente o maior inimigo da Darkwatch, um lorde vampiro chamado Lazarus Malkoth, Jericho é recrutado para a Darkwatch como um agente de elite. Jericó, no entanto, está lentamente se transformando em um vampiro, depois de ser mordido por Lázaro. O jogo descreve a luta de Jericó pela humanidade ou sua descida às trevas, dependendo das ações do jogador. O jogo começa no Território do Arizona em 1876, com Jericho tentando roubar um trem de Darkwatch que está transportando o Lazarus Malkoth capturado para a Cidadela de Darkwatch, um local frequentemente mencionado e visitado no jogo, e ao fazê-lo libera Lazarus para o Ocidente. Em um aparente pouco de misericórdia, Lázaro morde Jericó e lhe dá a maldição do vampiro, fazendo com que ele lentamente se transforme em um. O jogo continua com a introdução de Cassidy, bem como o aparecimento de Shadow, o cavalo morto-vivo de Jericó. À medida que o jogo avança, Jericho finalmente chega à Cidadela Darkwatch, onde conhece o General Clay Cartwright, o atual líder da ordem. Cartwright o coloca no Labirinto da Tortura, o exercício de iniciação de Darkwatch que foi projetado como um teste para os Reguladores de Darkwatch, mas Jericho recebe uma versão especial especialmente projetada por Cartwright para matá-lo. Quando Jericho passa no teste de qualquer maneira, ele começa a fazer missões para o Darkwatch. As missões incluem tarefas que vão desde consertar alguns dos danos que ele causou até adquirir equipamentos da Vigília das Trevas, como o Prisma da Luz Negra, uma pedra que permite que os vampiros dentro de sua vizinhança usem seus poderes e andem à luz do sol.