Um jogo de plataforma de rolagem lateral em que um robô atravessa um mundo estranho que foi jogado em desordem devido à sua história violenta e um médico que está tentando explorar os habitantes para ajudá-lo em sua própria busca pelo poder.

O personagem do jogador acorda em uma caverna sem memória de como ele chegou lá. Ele encontra uma aldeia de Mimigas, que estão sendo perseguidas pelo Doutor. Os servos do Doutor Misery e Balrog estão procurando por Sue Sakamoto, uma garota que foi transformada em Mimiga. Não a encontrando, eles sequestraram por engano outra Mimiga chamada Toroko. O jogador encontra Sue no Corredor de Ovos, onde ela descobre os ovos de um Dragão do Céu, o que poderia permitir que ela escapasse da ilha flutuante se chocada. Sue tenta resgatar seu irmão Kazuma, mas King, o líder da Vila Mimiga, a captura e a responsabiliza pelo sequestro de Toroko. Sue encarrega o jogador de recuperar Kazuma de Grasstown. Depois de libertá-lo, eles encontram o Professor Booster, que revela que o Doutor planeja usar as flores vermelhas em Mimigas para criar um exército para dominar o mundo da superfície. Booster envia o jogador para a Zona de Areia para destruir as flores vermelhas antes que o Doutor possa encontrá-las. Enquanto está lá, o jogador conhece Curly Brace, uma robô que também não tem lembranças de seu passado, e Jenka, uma velha bruxa que é a mãe de Misery e guardiã das flores vermelhas. Jenka chama o personagem do jogador de "soldado da superfície", um dos muitos que foram enviados para a ilha para massacrar os Mimigas. Miséria transporta o jogador para o Labirinto nas profundezas da ilha como punição por interferir nos planos do Doutor. Curly Brace também foi jogado no Labirinto e eles cooperam para escapar. Balrog os ajuda a mover a pedra que bloqueia a saída, revelando sua natureza gentil. A dupla encontra e derrota o Núcleo, uma criatura mágica cujo poder mantém a ilha flutuando. No entanto, o Doutor intervém para salvá-lo antes que a ilha desmorone. Dependendo de certas condições, o jogador pode resgatar Curly Brace, que sacrificou seu tanque de ar para salvar o personagem do jogador. Quando ele retorna à Vila Mimiga, descobre que o Doutor capturou os Mimigas. No Corredor de Ovos, Kazuma oferece ao jogador a opção de escapar da ilha com ele usando um Dragão do Céu, levando a um final alternativo em que o Doutor conquista o mundo da superfície enquanto Kazuma e o jogador se escondem nas montanhas. Em vez disso, o jogador pode optar por confrontar o Doutor e destruir o Núcleo da ilha, o que faria as Mimigas voltarem ao normal. O jogador escala a parede externa da ilha para chegar à Plantação, onde o Doutor está usando as Mimigas como trabalhadores escravos para cultivar flores vermelhas. Os servos do Doutor o capturam e o colocam em uma cela com Sue. Ela é levada antes que o jogador acorde, mas sua carta revela que o Doutor era um membro da expedição de pesquisa que incluía a família de Sue e o Professor Booster, mas ele os traiu assim que encontrou a Coroa Demoníaca. Sue orienta o jogador a encontrar sua mãe, que pode ter um plano para parar o Doutor. Se o jogador salvou Curly Brace mais cedo, o jogador pode encontrar um item para restaurar suas memórias. Ela lembra que o nome do personagem do jogador é Quote, e que eles não eram os robôs assassinos que massacraram Mimigas no passado. Em vez disso, eles foram enviados para destruir a Coroa Demoníaca para evitar que seu poder caísse nas mãos erradas. A citação encontra a mãe de Sue, Momorin, que está construindo um foguete que permitirá o acesso ao topo da ilha onde o Doutor reside. Depois de ajudá-la a completar o foguete, Quote confronta Misery e o Doutor. O Doutor purificou a essência das flores vermelhas em um cristal, o que lhe permite sobreviver mesmo depois que Quote destrói seu corpo. O espírito do Doutor possui o Núcleo da ilha, mas Citação consegue destruir isso também, fazendo com que a ilha comece a cair na Terra. Sob certas condições, o jogador pode prosseguir para um estágio bônus chamado Santuário Manchado de Sangue, onde o criador da Coroa Demoníaca, Ballos, é preso. Ballos, irmão de Jenka, era um mago poderoso que enlouqueceu depois de ser torturado. A miséria forçou Ballos a criar a Coroa Demoníaca, mas ela e Balrog foram amaldiçoados a servir quem a possuísse. Com a ajuda de Curly Brace, Quote derrota Ballos e interrompe a fonte da energia negativa que estava causando a queda da ilha, salvando seus habitantes. Balrog salva os dois antes que sejam esmagados pela prisão em colapso de Ballos - ele foi enviado por Misery como agradecimento por quebrar sua maldição. Citação: Curly Brace e Balrog deixam a ilha para viver seus dias em paz.