Justice League Heroes: The Flash é a versão Game Boy Advance de Justice League Heroes lançada para Xbox e PlayStation 2. Esta versão se concentra principalmente em The Flash e apresenta jogabilidade de ação side-scrolling 2D e uma história paralela ao enredo do jogo de console.

O Flash responde a uma invasão de robôs em Keystone City, descobrindo uma crise global orquestrada por um mentor desconhecido. Guiado pela Liga da Justiça através da Torre de Vigia, ele derrota Gorila Grodd, que revela uma aliança com o controlador dos robôs. O Flash então enfrenta ameaças em Gotham City, derrotando Killer Frost, que também está ligado à conspiração. Em seguida, ele ajuda a ilha da Mulher-Maravilha, Themyscira, a superar a feiticeira Circe, que nomeia Brainiac como o cérebro por trás das diversões. O Flash então confronta o Zoom em uma cidade inundada causada por terremotos, aprendendo que o Zoom também está trabalhando com Brainiac. Finalmente, em Metrópolis, o Flash resgata Superman da nave de Brainiac, derrota Brainiac e descobre seu plano de construir um dispositivo em torno de um meteoro roubado. Este dispositivo liberta Darkseid de uma prisão extradimensional, preparando o terreno para uma batalha maior da Liga da Justiça contra a ameaça de Darkseid à Terra.