O maligno Império Bydo retorna nesta entrada da série R-Type. Então, suba na última nave R-Type, a R-90, e atravesse seis níveis de rolagem lateral em seu caminho para destruir a nave-mãe Bydo. A jogabilidade ainda é a maneira clássica do R-Type, com níveis e chefes enormes. Com sua unidade de laser destacável, você pode disparar na frente ou atrás do seu navio. O R-Type III agora apresenta três tipos diferentes de unidade de laser, selecionáveis no início de um jogo. Cada um oferece diferentes tipos de laser, dependendo dos power-ups coletados.