Um jogo de tiro em terceira pessoa repleto de ação, MorphX deixa os jogadores no meio das consequências em Moscou, Rússia. Como parte da nova resistência, os jogadores despertam em um laboratório alienígena com a opção de melhorar sua resistência e saúde com DNA Alienígena, mas ao custo de se transformar gradualmente em um monstro. Em um esforço para lutar contra os alienígenas e encontrar um antídoto para a mutação, os jogadores podem optar por usar o DNA Alienígena a seu favor, ou rejeitá-lo e se concentrar apenas em coletar uma variedade de armas para derrubar seus inimigos.

Aliens atacaram a Terra, matando milhões em meros segundos. Em uma tentativa desesperada de retaliação, os líderes mundiais se defenderam com armas nucleares. Agora os alienígenas povoam o planeta, o mundo é um deserto e os poucos sobreviventes humanos restantes são relegados a morar em esgotos, metrôs e porões para planejar sua vingança.