Batman: Arkham Origins apresenta uma Gotham City expandida e apresenta um enredo prequel original que ocorre vários anos antes dos eventos de Batman: Arkham Asylum e Batman: Arkham City. Ocorrendo antes da ascensão dos vilões e assassinos mais perigosos de Gotham City, o jogo mostra um Batman jovem, cru e não refinado enquanto ele enfrenta um momento decisivo em seu início de carreira como um combatente do crime que define seu caminho para se tornar o Cavaleiro das Trevas. À medida que a história se desenrola, identidades de testemunhas são formadas e relacionamentos-chave são forjados.