Baseado na série de romances de Andrzej Sapkowski, The Witcher segue Geralt de Rivia, um bruxo amnésico (solucionador de problemas e matador de monstros) cuja casa, a cidadela de Kaer Morhen, é sitiada por uma organização chamada Salamandra, que rouba suas valiosas poções e foge. Ao longo do jogo, Geralt deve resolver os dilemas morais das pessoas, conectar os pontos de seu passado e rastrear a Salamandra.

O jogo começa quando Geralt de Rivia, um dos poucos "bruxos" restantes – caçadores de monstros viajantes de aluguel, dotados de poderes não naturais, é transportado para a fortaleza bruxa de Kaer Morhen por outros bruxos que o descobriram inconsciente em um campo. Geralt não se lembra de quase nada de sua vida antes disso. Ele é levado para Kaer Morhen, a base dos bruxos, onde conhece uma feiticeira chamada Triss Merigold. O castelo é atacado por uma gangue de bandidos chamada Salamandra, liderada por um criminoso conhecido como Professor, uma maga chamada Savolla que controla um grande monstro em forma de louva-a-deus, e outra maga chamada Azar Javed. Os bruxos e a feiticeira conseguem matar o monstro e Savolla, mas o Professor e Azar conseguem escapar com os mutagênicos que alteram geneticamente os bruxos. Depois de curar Triss das feridas que recebeu enquanto lutava contra Javed, Geralt e o resto dos bruxos partem em direções diferentes para encontrar informações sobre Salamandra.