Escolha entre sete caças de alta potência (incluindo o Raiden MkII e o Judge Spear da Fase 1 do Viper) e suba aos céus em três missões perigosas. As duas primeiras missões são compostas de três estágios cada, os dois primeiros dos quais podem aparecer em qualquer ordem. Os Estágios 1-3, 2-3 e a missão final são todos iguais.

A trama dos Lutadores Raiden não é diretamente aparente por si só. O prólogo de abertura de Raiden Fighters 2 sugere um enredo de seu antecessor, que a sequência segue. O esquadrão protagonista deve reprimir uma enorme revolta guerrilheira liderada por um ditador implacável. O cenário deste conflito parece ocorrer no leste da Ásia, pois os briefings para cada "Missão" incluem um plano de guerra sobreposto a um mapa que descreve os países da China e do Japão.