The Legend of Zelda: Phantom Hourglass é o primeiro jogo Zelda para Nintendo DS e uma sequência direta de The Wind Waker. A direção de arte é do mesmo estilo cel-shaded do Wind Waker, mas é exibida de uma perspectiva clássica de cima para baixo. A jogabilidade é estruturada de forma semelhante a outros jogos da série e é dividida em duas seções principais: navegar entre as ilhas e explorar as ilhas e suas masmorras a pé. A tela sensível ao toque é usada para fazer Link se mover e atacar em vez de botões, você também pode fazer anotações de tesouros e itens secretos no mapa simplesmente anotando-os. O jogo recebeu elogios da crítica, que concordou que o jogo era uma sequência digna de The Wind Waker.

Muitos meses se passaram desde os eventos de The Legend of Zelda: The Wind Waker, e Link, Tetra e o bando de piratas de Tetra partiram em busca de novas terras. Eles se deparam com um trecho de oceano coberto por uma densa névoa, no qual descobrem um navio abandonado. Tetra cai em perigo quando explora o navio sozinha, e Link cai no oceano quando tenta resgatá-la. Quando ele aparece inconsciente nas margens de uma ilha misteriosa, ele é despertado pelo som da voz de uma fada. Com a ajuda dessa fada, ele parte em busca de Tetra – e seu caminho de volta aos mares que um dia conheceu.