NieR: Automata conta a história dos androides 2B, 9S e A2 e sua batalha para recuperar a distopia movida a máquinas invadida por máquinas poderosas.

O futuro distante... Invasores de outro mundo atacam sem aviso prévio, desencadeando um novo tipo de ameaça: armas conhecidas como "formas de vida de máquinas". Diante dessa ameaça intransponível, a humanidade é expulsa da Terra e se refugia na Lua. O Conselho da Humanidade organiza uma resistência de soldados andróides em um esforço para recuperar seu planeta. Para quebrar o impasse, a Resistência implanta uma nova unidade de infantaria andróide: YoRHa . No deserto abandonado abaixo, a guerra entre as máquinas e os androides continua. Uma guerra que em breve revelará a verdade há muito esquecida deste mundo...