Nada é o que parece no mais recente jogo de ação e aventura da Square Enix, ambientado em um mundo em ruínas atormentado por doenças e criaturas sombrias e irreconhecíveis. Os jogadores assumem o papel do protagonista inflexível, NIER, determinado em sua busca para descobrir uma cura para sua filha, que está infectada com o vírus Black Scrawl. Com aliados poderosos e um livro misterioso, NIER encontra coisas que confundirão até mesmo o mais poderoso dos guerreiros. Com NIER, experimente cinemáticas de batalha perfeitas e explore terras assombrosamente familiares, batalhas intensas repletas de ação e narrativas como apenas a Square Enix pode fazer

O jogo abre com um prólogo durante o verão de 2049 em uma tempestade de neve. Em uma mercearia moderna e quebrada, Nier (Jamieson Price) evita ataques de monstros etéreos para proteger sua jovem filha doente, Yonah (Heather Hogan). Depois de derrotar os monstros, ele verifica Yonah, que começou a tossir muito. O jogo então corta para 1.312 anos depois, onde o jogador vê o que parece ser os mesmos dois personagens, agora vivendo em uma aldeia construída sobre as ruínas de uma cidade velha. A vila de baixa tecnologia é uma das várias e é cercada por ruínas mais modernas, como os restos de trilhos de trem e máquinas industriais. As áreas entre as cidades estão cheias de monstros conhecidos como Sombras que atacam os viajantes. Como a doença de Yonah, o Rabisco Negro, é terminal, Nier parte em busca de uma cura. Ao fazê-lo, Nier encontra um livro falante, Grimoire Weiss (Liam O'Brien), que sugere que os dois se juntem para usar a magia de Weiss e encontrar uma cura para a doença de Yonah. Em sua busca, eles encontram Kainé (Laura Bailey), uma espadachim de temperamento quente e boca suja; e Emil (Julie Ann Taylor), um menino vendado cujos olhos petrificam qualquer um que vêem. Depois de viajar por um tempo, a aldeia é atacada por uma sombra gigante; a batalha culmina com Yonah sendo levada por um mestre Sombra que de repente aparece - o Senhor das Sombras - que carrega seu próprio livro, Grimoire Noir. O jogo então avança cinco anos. Nier e os outros estão tentando encontrar as partes de uma chave que eles acreditam que os ajudará a localizar o Senhor das Sombras e o Grimório Noir. Depois de derrotar cinco Sombras e montar a chave, a equipe vai derrotar o Senhor das Sombras. Lá, Devola e Popola (ambos dublados por Eden Riegel), personagens que têm guiado Nier em sua busca, parecem tentar detê-los. Eles explicam que, mais de 1300 anos antes, a humanidade enfrentou a extinção devido a uma doença incurável. Na tentativa de sobreviver, eles separaram suas almas de seus corpos usando Grimório Noir e Weiss. Eles criaram clones resistentes à doença, Replicantes, e pretendiam recombinar as almas, ou Gestalts, com os corpos Replicantes uma vez que tivessem morrido; Devola e Popola eram androides preparados para supervisionar o projeto. Com o tempo, os Replicantes começaram a formar suas próprias identidades; enquanto os Gestalts, ou Sombras, ficaram agressivos com eles. [7] Nier derrota a dupla, com Emil se sacrificando para garantir o progresso de seus amigos. O grupo restante então derrota o Senhor das Sombras, e o jogador descobre que ele é a forma Gestalt do Nier do prólogo. Levado a proteger sua Yonah, ele foi o primeiro Gestalt e a combinou com a Yonah Replicante. O Yonah original, no entanto, diz ao Gestalt Nier que ela pode ouvir o novo Yonah dentro dela, e que ela ama o Nier Replicante e merece o corpo tanto quanto. [8] Ela desocupa o corpo, e Nier e Yonah se reúnem. Se o jogador jogar o jogo novamente, ele começa logo após o salto de cinco anos. Eles descobrem sobre o passado de Kainé, incluindo que ela é intersexual, o que, juntamente com a morte de seus pais, resultou em seu ostracismo quando criança, e que ela está parcialmente possuída por uma Sombra. O jogador ganha a capacidade de entender o que as sombras estão dizendo, incluindo a que possui Kainé, embora no jogo Nier, Weiss e Emil ainda não consigam. Cenas adicionais também são mostradas, dando as motivações e a história por trás dos chefes de Sombra que são combatidos e mostrando-os como pessoas sencientes tentando defender seus amigos contra Nier. O final da segunda jogada mostra que Emil sobrevive ao seu sacrifício e que Gestalt Nier e Yonah estão reunidos na vida após a morte. Uma terceira jogada apresenta ao jogador uma escolha no final para salvar Kainé, que é visto morrendo em agonia; Nier pode matá-la para acabar com seu sofrimento ou sacrificar sua vida por ela. A última escolha não apenas apaga toda a memória dele da mente dos outros personagens, mostrada em uma cena final, mas também exclui todo o progresso salvo do jogador, como se o jogo nunca tivesse sido jogado. Além disso, se o jogador quiser iniciar um novo jogo, ele não poderá inserir o mesmo nome escolhido para a jogada anterior para o personagem Nier.