Os controles deste jogo usam um esquema de quatro botões (dois socos e dois chutes, fracos e fortes). Uma característica particular é a possibilidade de usar um ataque super especial. Para conseguir isso, o jogador deve preencher uma barra verde sob a barra de vida, acertando seus oponentes. Uma vez cheio, o jogador deve pressionar os dois botões de ataque fortes simultaneamente. Há também a opção de aumentar a velocidade do jogo, tornando as lutas mais intensas, mas também mais difíceis de acompanhar. Além dos modos principal e versus, há um modo de história no qual as Tartarugas devem resgatar April O'Neil e Splinter das garras de Karai. As Tartarugas devem viajar pelos EUA em seu dirigível Tartaruga, derrotando outros combatentes e coletando informações. Apenas os quatro podem ser jogáveis, enquanto os outros personagens (assim como um clone de tartaruga) são os oponentes. Não há Medidor de Mutagênico no modo história. Há também um modo de exibição, que apresenta personagens controlados por computador.

Um torneio foi organizado e muitos lutadores entraram, sendo o Destruidor um deles. As Tartarugas decidem participar para impedir seu inimigo, além de provar sua força no torneio.