No mundo futurista de Nano Breaker, as nanomáquinas, que foram originalmente desenvolvidas para enriquecer a humanidade, de repente deram errado. As máquinas começaram a colher o sangue de humanos e o ferro de edifícios em um esforço para construir um exército de máquinas monstruosas. Para combater essa ameaça, você deve abrir caminho através de hordas de unidades inimigas para salvar o mundo do apocalipse. Equipado com uma poderosa Lâmina de Plasma que muda de forma, você assume o papel do herói solitário, que deve defender a humanidade das nanomáquinas mortais.