Na curiosa aldeia de St. Mystere, os habitantes da cidade falam uns com os outros em enigmas, trancam suas portas com quebra-cabeças deslizantes e escondem seus segredos dentro de quebra-cabeças. Quando um barão rico morre, seu testamento revela um tesouro indescritível escondido em algum lugar dentro da aldeia. Agora cabe ao Professor Layton desvendar os enigmas e quebra-cabeças de St. Mystere, encontrar o tesouro escondido e desvendar o caso.

Quando o rico Barão Augustus Reinhold morre, seu testamento revela um tesouro escondido na aldeia de St. Mystere. Incapaz de localizar o tesouro, a família do barão pede ajuda ao renomado especialista em quebra-cabeças Professor Layton e seu aprendiz, Luke. Após a chegada do casal, sua busca pelo tesouro é interrompida pela morte suspeita de outro membro da família Reinhold. Agora, com dois mistérios em mãos, o Professor Layton e Luke devem percorrer os muitos quebra-cabeças, enigmas e quebra-cabeças da aldeia para encontrar a verdade.