Forbidden Siren 2 é a segunda parte da série Siren. O jogo conta a história de vários personagens que ficam presos na Ilha Yamijima, uma ilha ao largo da costa do Japão continental. Em 3 de agosto de 1976, um cabo submarino foi cortado e toda a energia da ilha foi perdida. Durante o apagão subsequente, todos os ilhéus desapareceram e a ilha ficou deserta. Vinte e nove anos depois, em 2005, um editor de revista chamado Mamoru Itsuki está visitando a ilha para realizar uma pesquisa para um artigo quando a balsa em que ele e um pequeno grupo de outros passageiros estão naufraga, depois de ser atingida por um maremoto vermelho. Pouco depois de sua chegada, um grupo de soldados cai na ilha depois que seu helicóptero tem problemas de motor. Todos eles devem encontrar maneiras de sobreviver aos "monstros" da ilha, os shibito. O jogo é jogado através de várias perspectivas de personagens, cada um com seus próprios pontos fortes e fracos, através de uma linha do tempo sobreposta da noite fatídica que alterna entre o presente e o passado. A história pode se desdobrar de maneiras diferentes com, em muitos casos, duas ou mais versões diferentes de um nível, que terão objetivos ligeiramente diferentes do original. Se o jogador for minucioso e jogar essas versões opcionais, a história e os personagens podem se desenvolver ainda mais do que antes

Milênios atrás, Mãe era uma antiga divindade da água que foi aprisionada abaixo da terra após a criação da luz. O companheiro da mãe, Otoshigo, fugiu para as profundezas do oceano. Com o tempo, Mamãe ficou determinada a retornar à superfície e enviou avatares (seres humanos possuídos que ela controla) para se preparar para seu retorno. No entanto, eles continuamente falham em sua missão e nunca retornam ao Submundo. Em 1976, um cabo submarino foi cortado e toda a energia da Ilha Yamijima foi perdida. Shu Mikami, de quatro anos, encontra uma jovem na praia. A mulher, Kanae, tem uma semelhança extraordinária com a mãe morta de Shu. Os dois se tornam inseparáveis e Kanae vai morar com Shu e seu pai. Os moradores de Yamijima a temem por causa de sua aversão à luz solar. Kanae é na verdade um avatar da Mãe, encarregada de manipular Shu para abrir os sete portões do Submundo, que estão localizados na Ilha Yamijima, e manter a Mãe aprisionada. Antes que Kanae possa completar sua missão, Tsuneo Ohta, o chefe de um grupo de pescadores, determina que ela deve ser morta.