Box Boy! é um jogo de plataforma no qual os jogadores controlam um personagem em forma de caixa chamado Qbby enquanto ele passa por cada nível. A fonte da mecânica do jogo vem da capacidade de Qbby de gerar caixas fora de seu corpo, cujo número varia entre cada nível. Essas caixas podem se espalhar em qualquer direção possível para fazer várias formas e podem ser carregadas ou jogadas e empurradas. As caixas têm vários usos, como permitir que os jogadores alcancem bordas altas ou cruzem grandes lacunas, segurando interruptores ou bloqueando lasers mortais. Além disso, conectando essas caixas a uma saliência enquanto Qbby ainda está preso, ele pode se levantar. Cada nível possui uma ou mais coroas, que podem ser coletadas com o jogo avançado, mas se tornarão incobráveis se o jogador usar muitas caixas durante um nível. Essas coroas desbloqueiam mundos adicionais à medida que o jogo avança. As medalhas obtidas ao completar cada nível podem ser gastas em extras, como fantasias, manuais de técnicas e níveis de bônus.