O jogo começa com o Doutor Eggman transformando Tails, Amy Rose, Rouge e a Master Emerald em cartas com seu novo dispositivo. Sonic e Knuckles chegam ao local e descobrem o que aconteceu. Knuckles, empenhado em salvar o Mestre Esmeralda, diz a Sonic que o trabalho em equipe está fora de questão e que ele precisa chegar a Eggman primeiro. Sonic ri e diz que gosta de um bom desafio. Enquanto isso, Shadow, o Ouriço, recebe um sinal de socorro de Eggman. De repente, um misterioso ouriço chamado Silver aparece do futuro. Prata é então perseguida por Sombra. Quando eles se encontram, Silver diz a Shadow que ele precisa chegar a Eggman primeiro. Após inúmeros conflitos, é revelado que o Dr. Eggman é de fato Eggman Nega e que o verdadeiro Doutor Eggman é capturado em um cartão antes da história. Depois de uma batalha final com Sonic, Knuckles, Shadow e Silver, Nega é derrotado, todos são revertidos às suas formas originais e Silver retorna ao futuro com Eggman Nega, que está preso dentro de uma carta.