O ano é 1962 e a Guerra Fria deixou a nação dominada pelo medo. Uma unidade governamental ultrassecreta chamada The Bureau começa a investigar uma série de ataques misteriosos de um inimigo mais poderoso do que o comunismo. Como agente Carter, dê as ordens, puxe o gatilho e lidere seu esquadrão em um emocionante jogo de tiro tático em terceira pessoa dentro de uma guerra secreta para proteger a humanidade de um inimigo de outro mundo.

Situado nos Estados Unidos no final de 1962, no auge da Guerra Fria, a história segue William Carter, um agente especial da CIA encarregado de entregar uma maleta misteriosa a uma organização secreta do governo. Quando a entrega dá catastroficamente errada e uma força extraterrestre hostil conhecida como Outsiders lança um ataque coordenado, o departamento no centro da crise é secretamente ativado como XCOM, a última linha de defesa da humanidade. Com as comunicações em todo o mundo congestionadas e as bases militares caindo uma após a outra, seu diretor assume o controle das forças remanescentes do país enquanto os agentes plantados nas principais cidades mantêm a calma pública. Carter lidera esquadrões em todo o país para resgatar pessoal-chave, defender locais estratégicos e recuperar a tecnologia alienígena que puderem, reunindo lentamente o verdadeiro propósito dos Renegados: conquistar a Terra, transformá-la em um novo mundo natal e escravizar a raça humana.