Last Bible III é a entrada final da trilogia Last Bible. Ao contrário dos dois primeiros jogos, este jogo não foi lançado em um sistema portátil. O jogo segue Ciel, um menino que deixa sua cidade natal para viajar em uma jornada.

O jogo se passa muitos anos após a Última Bíblia II. As pessoas estão vivendo em relativa harmonia com as bestas. Na introdução, um herói de guerra chamado Alek Messena chega aos portões do submundo. Antes de desmaiar, ele diz que espera que seu velho amigo (Glen Larsford) sobreviva. O jogador começa o jogo como o filho de Glen, Ciel. Ciel vive uma vida bastante pacífica, brincando com seus amigos e irmão e indo à escola para aprender a fazer uso de sua potente gaia (uma forma sobrenatural de energia). Ocasionalmente, as pessoas mencionam uma guerra devastadora, conhecida como Guerra Polisiana, que chegou ao fim há cerca de quinze anos. Ciel descobre que os antigos estados polisianos em guerra (e agora unidos) estão trabalhando para espalhar sua lei de proibição gaia e acabar com a ameaça de guerra de uma vez por todas. Alguns dos colegas de Ciel vivem nos Estados Polisianos, que fazem uso de Phelesteau, um motor perpétuo que fornece energia gratuita para todos na cidade, sob uma condição: que eles nunca libertem sua gaia dentro dos limites da cidade (ou sejam jogados na prisão). Depois que sua aldeia é atacada por soldados que vieram matar seu pai, Ciel é forçado a descobrir o mistério do que aconteceu entre Glen e a antiga equipe de Alek, o motor Phelesteau e os Estados Polisianos.