Jogue como o músculo da Agência de Detetives Yagami, Masaharu Kaito, e assuma um novo caso que amarra as pontas soltas de seu passado em Os Arquivos Kaito. Kaito traz suas próprias técnicas de detetive de Foco Primordial e dois estilos de luta bestiais para desafiar novos inimigos e desvendar o caso com uma arrogância Kaito distinta. Após os eventos de Julgamento Perdido, Kaito inicia um caso lucrativo enquanto Yagami está fora da cidade que inesperadamente o faz procurar sua antiga paixão, Mikiko. Ao longo do caminho, Kaito encontra um adolescente que afirma ser seu filho e se une para descobrir a verdade por trás do desaparecimento de Mikiko. Agora Kaito está na encruzilhada do passado e do presente, enquanto enfrenta um sindicato ligado ao submundo criminoso de Kamurocho. Mas por que Kaito e Mikiko se separaram, e o que essa fraternidade sombria tem a ver com ela?